Pada tahun 1998 Balai PSDA semula merupakan unit organisasi eselon III/B yang dibentuk berdasarkan Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Tengah No.060/07/1998 tgl.31 Mei 1998. Selanjutnya pada tahun 1999 diatur kembali dengan terbitnya Peraturan Daerah No.11 Tahun 1999 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum Pengairan Provinsi Jawa Tengah.

Pada tahun 2002 Balai PSDA Bengawan Solo merupakan Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Pemerintah Provinsi Jawa Tengah yang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Jawa Tengah No.1 Tahun 2002 tgl.2 April 2002 tentang Pembentukan, Kedudukan, Tugas Pokok, Fungsi dan Susunan Organisasi Unit Pelaksana Teknis Dinas PSDA Provinsi Jawa Tengah yang merupakan unit organisasi eselon III/A.

Pada saat ini, Balai Pengelolaan Sumber Daya Air (PSDA) Bengawan Solo dibentuk berdasarkan PERDA No.6 Th. 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Provinsi Jawa Tengah dan Peraturan Gubernur Jawa Tengah No.33 Th.2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Pengelolaan Sumber Daya Air Provinsi Jawa Tengah.

Berdasarkan Peraturan Gubernur tersebut, pejabat struktural pada Balai PSDA Bengawan Solo terdiri dari :

Pejabat Eselon IIIA : Kepala Balai
Pejabat Eselon IVA :
- Kepala Sub Bagian Tata Usaha
- Kepala Seksi Operasi dan Pemeliharaan
- Kepala Seksi Pengendalian dan Pendayagunaan
Dalam rangka mengkoordinasikan kegiatan operasional di lapangan berdasarkan Keputusan Kepala Dinas PSDA Provinsi Jawa Tengah No.061.1/200/2009 dibentuk Perwakilan Balai, yang meliputi :